W skład pracowni endoskopowej wchodzą 3 gabinety endoskopii, pomieszczenie dezynfekcji i sterylizacji sprzętu endoskopowego z dwoma myjkami automatycznymi i myjką ultradźwiękową, pokój przygotowawczy do badań oraz sala intensywnego nadzoru nad pacjentem po znieczuleniu ogólnym.